| Lycée professionnel Nelson MandelaAudincourt, public | 76 % | 44 % | 621 | 76,9 |
| Lycée professionnel Jouffroy d'AbbansBaume-les-Dames, public | 84 % | 49 % | 212 | 85,9 |
| Lycée agricole privé François-Xavier de BesançonBesançon, privé sous contrat | | | | |
| Lycée professionnel CondéBesançon, public | 94 % | 60 % | 445 | 87,8 |
| Lycée professionnel Pierre-Adrien PârisBesançon, public | 100 % | | 324 | 88,2 |
| Lycée professionnel Tristan BernardBesançon, public | 84 % | 54 % | 412 | 84,4 |
| Lycée professionnel privé Saint-JosephBesançon, privé sous contrat | 88 % | 60 % | 206 | 107,2 |
| Lycée professionnel privé Sainte-FamilleBesançon, privé sous contrat | 94 % | 62 % | 202 | 101 |
| Établissement régional d'enseignement adapté - Collège - Lycée Simone VeilBesançon, public | | | 96 | |
| Maison Familiale Rurale les 2 vals des FinsLes Fins, privé sous contrat | | | | |
| Lycée agricole privé Lasalle de LevierLevier, privé sous contrat | | | | |
| Ecole Technique La Fontaine MandeureMandeure, privé hors contrat | | | | |
| Maison Familiale Rurale de MandeureMandeure, privé sous contrat | | | | |
| Maison Familiale Rurale de MorreMorre, privé sous contrat | | | | |
| Lycée agricole privé Jeanne d'Arc de PontarlierPontarlier, privé sous contrat | | | | |
| Lycée professionnel Toussaint LouverturePontarlier, public | 93 % | 65 % | 405 | 88,8 |
| Lycée professionnel privé Saint-BénignePontarlier, privé sous contrat | 96 % | 69 % | 165 | 97,4 |
| Maison Familiale Rurale de PontarlierPontarlier, privé sous contrat | | | | |
| Ecole secondaire professionnelle privée du FC SochauxSeloncourt, privé hors contrat | | | | |
| Maison Familiale Rurale de VercelVercel-Villedieu-le-Camp, privé sous contrat | | | | |