| Collège Jean BauhinAudincourt, public, REP | 77 % | 61 % | 534 | 81,5 |
| Collège André BoullocheBart, public | 85 % | 69 % | 493 | 110,3 |
| Collège DiderotBesançon, public, REP+ | 75 % | 55 % | 659 | 66,5 |
| Collège ProudhonBesançon, public | 66 % | 48 % | 537 | 93,3 |
| Collège Saint-JosephBesançon, privé sous contrat | 96 % | 83 % | 459 | 125,7 |
| Collège StendhalBesançon, public | 88 % | 82 % | 422 | 100,8 |
| Collège Victor HugoBesançon, public | 90 % | 79 % | 1 037 | 114,2 |
| Collège VoltaireBesançon, public | 80 % | 60 % | 562 | 80,9 |
| Collège privé Notre-Dame Institution Notre-Dame Saint-JeanBesançon, privé sous contrat | 98 % | 94 % | 768 | 125,7 |
| Collège Claude LoriusBethoncourt, public, REP+ | 68 % | 47 % | 430 | 72,5 |
| Collège Charles MassonBlamont, public | 96 % | 69 % | 200 | 102,3 |
| Collège Lucie AubracDoubs, public | 95 % | 81 % | 658 | 98,5 |
| Collège Émile LaroueFrasne, public | 89 % | 73 % | 319 | 98,6 |
| Collège des Quatre TerresHérimoncourt, public | 86 % | 57 % | 295 | 90,8 |
| Collège Mont MiroirMaîche, public | 90 % | 79 % | 434 | 94,2 |
| Collège privé Saint-JosephMaîche, privé sous contrat | 98 % | 76 % | 358 | 84 |
| Collège Lou BlazerMontbéliard, public, REP+ | 64 % | 53 % | 532 | 67,3 |
| Collège privé Sainte-Jeanne d'ArcMorteau, privé sous contrat | 98 % | 83 % | 437 | 101,9 |
| Collège de la SourceMouthe, public | 93 % | 82 % | 547 | 107,1 |
| Collège Pierre VernierOrnans, public | 87 % | 76 % | 457 | 106,8 |
| Collège Sainte-MarieOrnans, privé sous contrat | 100 % | 93 % | 259 | 106,1 |
| Collège Louis BonnemaillePays-de-Clerval, public | 88 % | 75 % | 136 | 96,8 |
| Collège privé François CartannazPirey, privé sous contrat | 95 % | 83 % | 419 | 121,2 |
| Collège Olympe de Gouges site de Saint-HyppolytePont-de-Roide-Vermondans, public | 92 % | 71 % | 428 | 98,3 |
| Collège André MalrauxPontarlier, public | 88 % | 76 % | 455 | 101,9 |